Podľa zákona rastu a poklesu peny v procese fermentácie existujú dva spôsoby kontroly peny PMI: jedným je znížiť možnosť tvorby peny úpravou zloženia média, ako je pridávanie menšieho alebo pomalého zvyšovania zloženia média, ktoré sa ľahko napení, a zmena určitých kultivačných podmienok, ako je pH, teplota, rýchlosť prevzdušňovania , rýchlosť miešania alebo zmena procesu fermentácie na kontrolu.

Výhodou mechanického odpeňovania je, že nie je potrebné zavádzať cudzie látky do fermentačnej pôdy, šetrí suroviny, znižuje možnosť kontaminácie a nezvyšuje záťaž následného extrakčného procesu. Účinok PMI peny však často nie je taký rýchly a spoľahlivý ako odpeňovač. Vyžaduje určité vybavenie a spotrebuje určité množstvo energie. Jeho najväčšou nevýhodou je, že nedokáže zásadne eliminovať tvorbu peny, preto sa často používa ako pomocný spôsob odpeňovania.

Mechanické odpeňovanie je fyzikálna metóda odpeňovania, ktorá rozbíja a odstraňuje bubliny pomocou silných mechanických vibrácií alebo zmien tlaku. Odpeňovacie zariadenie môže byť inštalované vo vnútri alebo mimo nádrže. Nad miešacím hriadeľom v nádrži môže byť inštalovaná odpeňovacia lopatka a pena môže byť rozdrvená účinkom cyklónového odstredivého poľa. Do odpeňovacieho rotora sa môže pridať aj malé množstvo odpeňovacieho činidla, aby sa zvýšil odpeňovací účinok. Metóda mimo tanku je vytiahnuť penu z tanku a po rozbití peny zrýchlením dýzy alebo odstredivej sily sa kvapalina vráti späť do fermentačnej nádrže.